مشکلات و عواملی که باعث تداخل در درمان ارتودنسی می شوند، مدت زمان درمان را افزایش داده و همچنین می توانند بر روی هزینه درمان نیز اثرگذار باشند
برخی از این عوامل به شرح زیر هستند:

    شکستگی براکت‌ها: براکت‌ها قطعات کوچکی هستند که بر روی دندان‌ها قرار می‌گیرند و سیم‌های ارتودنسی به آنها متصل می‌شوند. در صورتی که براکت‌ها شکسته، شل یا جدا شوند، نیازمند تعویض هستند و باعث افزایش مدت زمان و همچنین هزینه درمان می شوند
صدمه دیدن سیم‌ها: در صورتی که سیم های ارتودنسی تحت فشار اضافی قرار بگیرند یا صدمه ببینند، ممکن است خم شده یا شکسته شوند. در این صورت، نیاز به تعویض سیم می‌باشد و این می‌تواند به تأخیر در درمان منجر شود.
    عدم رعایت توصیه‌ها: رعایت توصیه ها و راهنمایی هایی که توسط ارتودنتیست به شما داده می‌شود، بسیار مهم است. عدم استفاده منظم از الاینر ها و یا کش های ارتودنسی، عدم رعایت توصیه‌های بهداشتی دهان و دندان و نقض دستورات مهمی که به بیمار اعلام شده است، می‌تواند باعث تداخل و تاخیر در درمان شده و بر کسب نتیجه مطلوب اثر منفی بگذارد
مشکلات جانبی: برخی مشکلات مثل پوسیدگی یا عفونت دندان ها یا بافت های دهانی، التهاب لثه و بافت های نگهدارنده دندان ها یا برخی مشکلات فکی در روند درمان ارتودنسی اختلال ایجاد می کنند. این مشکلات باید قبل از ادامه درمان ارتودنسی، برطرف و درمان شوند.